Toinen maailmansota alkoi syksyllä 1939, ja Hitler valloitti melkein koko Euroopan. Sodan aikana juutalaisia alettiin murhata Saksan valloittamilla alueilla. Joskus paikalliset asukkaat avustivat saksalaisia. Tätä tapahtui etenkin Itä-Euroopassa, jossa antisemitismillä oli pitkät perinteet. Myös Länsi-Euroopassa oli ihmisiä, jotka avustivat saksalaisia.
Vuonna 1942 natsit kokoontuivat Wannseen konferenssiin keskustelemaan juutalaiskysymyksen lopullisesta ratkaisusta. He päättivät, että kaikki Euroopan juutalaiset pitää tappaa.
Juutalaisia alettiin siirtää keskitysleireille, joissa heidät murhattiin järjestelmällisesti. Esimerkiksi Auschwitzin keskitysleiri Puolassa oli kokonaisen kaupungin kokoinen. Siellä tapettiin yli 10 000 juutalaista joka päivä. Saksalaiset olivat miettineet kaiken huolellisesti. Lapset, vanhukset ja sairaat tapettiin heti, kun he saapuivat keskitysleireille. Työkuntoiset miehet otettiin pakkotyöhön, ja he saivat elää niin kauan kuin jaksoivat tehdä työtä saksalaisten hyväksi.
Saksalaiset tappoivat yhteensä yli 6 miljoonaa juutalaista. Juutalaisten kansanmurhasta käytetään nimeä holokausti. Natsit tappoivat juutalaisten lisäksi myös miljoonia muihin vähemmistöihin kuuluneita ihmisiä, kuten romaneja, venäläisiä, homoseksuaaleja ja vammaisia. Natsien vainojen seurauksena kuoli yhteensä yli 10 miljoonaa ihmistä.
Holokaustin aikana kuolleiden juutalaisten määrä suhteessa sotaa edeltävään väkilukuun.
Antisemitismin historia
Antisemitismiä eli juutalaisvastaisuutta oli ollut Euroopassa jo ennen Hitleriä. Keskiajalla (n. 500 – 1500) kristityt pitivät juutalaisia vääräuskoisina. Monet ajattelivat, että Jumala rankaisee kristittyjä, jos juutalaiset saavat elää Euroopassa. Juutalaisia vihattiin myös sen takia, että monet heistä lainasivat rahaa korkoa vastaan. Kristinusko kielsi tuohon aikaan koron ottamisen, mutta kristityt saivat lainata rahaa juutalaisilta. Kristityt hyökkäsivät usein juutalaisia vastaan, ja heidät karkotettiin keskiajalla monista Euroopan valtioista, kuten Englannista, Ranskasta ja Espanjasta. Monet juutalaiset muuttivat tuolloin muslimien hallitsemaan Pohjois-Afrikkaan.
Valistus-aate ja Ranskan ihmisoikeuksien julistus paransivat juutalaisten asemaa Euroopassa 1700-luvulta lähtien. Itä-Euroopassa ja Venäjällä juutalaisten asema ei parantunut. Heitä vastaan tehtiin paljon väkivaltaisia hyökkäyksiä 1800-luvulla. Niistä käytetään nimitystä pogromi.
1800-luvun lopulta lähtien nationalismi-aate ja kansalliskiihko heikensivät juutalaisten asemaa myös muualla Euroopassa. Nationalismin mukaan yhdessä valtiossa sai asua vain yksi kansa. Juutalaisia asui monien valtioiden alueella, eikä heillä ollut omaa valtiota.
Nationalismi vaikutti juutalaisiin myös toisella tavalla. Juutalaisten oman nationalismin eli sionismin mukaan juutalaisille pitäisi saada oma valtio. 1800-luvun lopulta lähtien sionistit alkoivat perustaa Palestiinan alueelle siirtokuntia. Sionistit halusivat, että heidän alueellaan asuu vain juutalaisia. Se johti riitoihin ja väkivaltaisuuksiin alueella aikaisemmin asuneiden arabien kanssa.
1800-luvulla syntyi myös rotuoppi, jonka mukaan eri rodut olivat eriarvoisia. Sen perusteella voitiin ajatella, että ihmisoikeudet eivät koske kaikkia ihmisiä. 1900-luvun alussa rotuopin kannatus oli yleistä monissa Euroopan valtioissa. Esimerkiksi Ruotsissa tutkittiin paljon rotujen välisiä eroja ja haluttiin, että ruotsalainen rotu säilyy puhtaana. Rotuopit johtivat juutalaisten ja muiden vähemmistöjen syrjimiseen monissa Euroopan ja Amerikan valtioissa.
